DNA Dizilerini Temizleme

from Bio import SeqIO

# 1. FASTA dosyasını okuma
fasta_file = "local_example.fasta"  # FASTA dosyanızın adı (Bu dosyada temizlenmesi gereken kısımlar var, önceki bölüme bakabilirsiniz)
sequences = list(SeqIO.parse(fasta_file, "fasta"))

# 2. DNA dizilerini temizleme
def clean_dna_sequence(seq):
    # Yalnızca geçerli nükleotidleri (A, T, G, C) tutalım
    return ''.join([base for base in seq if base in "ATGC"])

# Her diziyi temizleyelim
cleaned_sequences = []
for seq in sequences:
    cleaned_seq = clean_dna_sequence(str(seq.seq))
    cleaned_sequences.append(cleaned_seq)

# İlk 3 temizlenmiş DNA dizisini gösterelim
for i, seq in enumerate(cleaned_sequences[:3]):
    print(f"Dizi ID: {sequences[i].id}")
    print(f"Temizlenmiş DNA {i+1}: {seq[:30]}...")  # İlk 30 karakteri göster
    print()

>Örnek DNA
ATG C-N?GTA*CT_AAGG TGCAAT

ATGCGTACTAAGGTGCAAT

# İlk 3 dizi için temizleme işlemi ve istatistiklerini gösterelim
print("DNA DİZİLERİ TEMİZLEME İSTATİSTİKLERİ")
print("-------------------------------------") # Bunlar tamamen tasarım için

for i, seq in enumerate(sequences[:3]):
    # Orijinal ve temizlenmiş diziyi alalım
    original_seq = str(seq.seq)
    cleaned_seq = clean_dna_sequence(original_seq)
    
    # Temizleme istatistiklerini hesaplayalım
    removed_chars = len(original_seq) - len(cleaned_seq)
    
    # Bölme işleminde sıfıra bölme hatasını önlemek için kontrol
    if len(original_seq) > 0:
        percent_removed = (removed_chars / len(original_seq)) * 100
    else:
        percent_removed = 0
    
    # Sonuçları görsel olarak daha anlaşılır şekilde yazdıralım
    print(f"DNA {i+1} (ID: {seq.id}):")
    print(f"  Orijinal dizi (ilk 20): {original_seq[:20]}...")
    print(f"  Temizlenmiş dizi (ilk 20): {cleaned_seq[:20]}...")
    print(f"  Orijinal uzunluk: {len(original_seq)} baz")
    print(f"  Temizlenmiş uzunluk: {len(cleaned_seq)} baz")
    print(f"  Çıkarılan: {removed_chars} karakter ({percent_removed:.1f}%)")
    
    # Her bir dizi sonrası ayırıcı ekleyelim
    if i < 2:  # Son diziden sonra ayırıcı eklemeye gerek yok
        print("-------------------------------------") # Bunlar tamamen tasarım için